Metabolomics Core Facility
Metabolomics ist die Untersuchung von Variationen endogener Metaboliten in biologischen Materialien, wie Zellen, Gewebe und Körperflüssigkeiten. Das Metabolom stellt den kompletten Satz von Metaboliten in einer biologischen Zelle, einem Gewebe, Organ oder Organismus dar, die die Produkte von zellulären Prozessen sind. Die Erstellung von Stoffwechselprofilen kann einen sofortigen Einblick in die Physiologie dieser Zelle geben, so dass die Metabolomic ein direktes "funktionelles Readout des physiologischen Zustands" eines Organismus liefert. Dies wiederum kann wichtige Informationen über Veränderungen in der Zell- und Gewebefunktion liefern, z. B. während der Differenzierung und der Entwicklung von Krankheiten.
The overall goal of the Metabolomics facility is to use and develop mass spectrometry based methods to characterize the relationship between lipid/small molecule metabolism and cardio-pulmonary diseases. The clinical translation of the results from these studies can deliver new diagnostic tests as well as identify new targets for therapeutic interventions to treat chronic disease. Our core facility is equipped with four state-of-the-art mass spectrometers, which are used for the identification and quantification of small molecules, metabolites and lipids.
Die IVS Metabolomics Core Facility ist auf die Quantifizierung von Hunderten von Metaboliten spezialisiert, insbesondere Oxylipine (das sind Lipidmediatoren mit mehrfach ungesättigten Fettsäureresten), Acyl-CoAs, Aminosäuren, sekundäre Amine, komplexe Lipide und Metabolite des TCA-Zyklus, Pentosephosphatwegs und der Glykolyse. Wir führen auch 13C-Tracing/Flussanalysen für spezifische Moleküle durch, z. B. 13C-Glukose. Außerdem werden Standardverfahren zur Extraktion von Metaboliten aus einer Vielzahl von biologischen Flüssigkeiten und Geweben eingesetzt, z. B. aus menschlichem Plasma, Haut, Gehirn, Herz und Zellkultur. Die Core Facility baut ihre Expertise kontinuierlich aus und ist offen für die Zusammenarbeit mit externen Gruppen auf Honorarbasis (Kontakt: mcore@vrc.uni-frankfurt.de).
Für diejenigen, die sich mehr für die technischen Details interessieren...
The MCore uses a positive pressure 96-well plate manifold (or a unit for single tubes) for solid phase extraction, and an advanced solvent-resistant freeze dryer system (condenser temperature of down to -105°C) for sample enrichment. Once the metabolites are extracted, they are transferred to MS Vials or 96-well plates and placed into an auto sampler, which injects a small sample volume into the LC/MS or GC/MS system. For targeted compound screenings, we use the 1290 Infinity II Bio HPLC System coupled to a 6495 QQQ and the 1290 Infinity System coupled to a QTrap5500. For untargeted metabolomics, we use the Orbitrap QExactive classic mass spectrometer coupled to ultra-high performance liquid chromatography (nano or standard flow) and the ISQ7000 single-quadrupole gas chromatography mass spectrometer coupled to a TRACE1300.
